内设动物卫生监督科、医政药政监督科、畜牧饲料监督科、动物检验检疫科、铁路运输检疫监督科、航空运输检疫监督科、综合科、办公室、人事劳资科和财务科10个科室。 负责具体实施法律、法规、规章规定应由省级畜牧兽医行政管理部门和动物卫生监督机构承担的执法监督和检疫等职责，负责动物防疫、兽药、种畜禽、饲料等方面大案、要案和跨区域案件的查处工作，参与重大动物疫病的应急处置工作，指导和协调区县相关的执法监督和检疫工作。